L'histoire se passe environ 25 ans après les derniers événements de Saint Seiya. Le personnage principal est le nouveau Chevalier Pégase : Kôga. Lorsque celui-ci n'était encore qu'un bébé, Athéna (Saori Kido) fut attaquée par un personnage étrange du nom de Mars. Cette apparition mis également la vie de Kôga en danger, mais il fut..