Quatorze ans après avoir vaincu le guerrier immortel Himuro Genma et contrecarré les plans maléfiques du Shogun des Ténèbres, Kibagami Jubei continue d'errer dans tout le Japon en tant qu'épéiste sans maître. Au cours de son périple, il rencontre Shigure, une prêtresse qui n'a jamais vu le monde en dehors de son village. Mais..