Le récit de Sword of the Stranger se déroule dans le Japon de l'ère "Sengoku", en pleine période de guerres civiles. Un rônin sans nom sauve un jeune orphelin, Kotarô, et son chien Tobimaru, lors d'un incendie. Pendant ce temps, une mystérieuse milice venue de Chine recherche Kotarô dans le but de l'utiliser pour accomplir un rituel..